|
|
Kultivace vrstvy buněk v mikrofluidním systému
Kachan, Ksenia ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Chmelíková, Larisa (vedoucí práce)
Teoretická část této práce se zabývá popisem principů kultivace buněk in vitro a moderních in vitro modelů pro kultivaci endoteliální buněčné vrstvy. V práci jsou dále popsány principy konfokální a fluorescenční mikroskopie. Praktická část je věnována práci s buněčnými kulturami a realizaci experimentu, který spočívá v kultivaci buněčné vrstvy v mikrofluidním systému. Buněčná vrstva byla během experimentu snímána konfokálním laserovým skenovacím mikroskopem Leica TCS SP8 X. Pro zpracování a analýzu pořízených snímku byl navržen algoritmus v programovacím prostředí MATLAB.
|
|
|
Vzájemná komunikace a vztah mezi nádorovými buňkami a nádorovým mikroprostředím
Novák, Štěpán ; Szabo, Pavol (vedoucí práce) ; Krška, Zdeněk (oponent) ; Grobárová, Valéria (oponent)
Předložená disertační práce se věnuje dvěma hlavním cílům. Jako první byla zkoumána interakce mezi čtyřmi buněčnými liniemi pankreatického duktálního adenokarcinomu (pancreatic ductal adenocarcinoma, PDAC) a kondiciovaných médií z normálních/zdravých fibroblastů (healthy fibroblasts, HF) a nádorově-asociovaných fibroblastů (cancer associated fibroblasts, CAFs) odvozených z PDAC (PDAC-derived CAFs, PANFs), buněk odvozených z ascitické tekutiny pacientů v terminálním stádiu PDAC a primárním tumorem PDAC. Následně byl stanoven celogenomový profil PANF. Druhým cílem bylo imunohistochemicky, pomocí detekce tenascinu (Ten), fibronectinu (Fn) a galectinu-1 (Gal-1), odlišit buňky spinocelulárního karcinomu (SCC), buňky z okraje chirurgického resekátu (MSR) a buňky normální sliznice (NM) u pacientů operovaných pro spinocelulární karcinom hlavy a krku (HNSCC) a tyto výsledky korelovat s jejich klinickými charakteristikami. Následně byl proveden celogenomový profil vzorků SCC, MSR a NM na základě stratifikace exprese Ten. Výsledky Kultivace čtyř linií PDAC pod vlivem kondiciovaných médií z HF a PANF měla heterogenní charakter. Po stimulaci bylo nejvíce agresivní chování získáno u buněčné linie Panc-1 zatímco linie PaTu-8902 byla médii spíše inhibována. Transkriptom PANF prokázal zvýšenou expresi některých...
|
|
|
Spontánní regrese melanomu prasat linie MeLiM
Plánská, Daniela
Melanom je kožní nádor vznikající z melanocytů - kožních buněk nesoucích pigment melanin. Melanom patří mezi imunogenní nádory, s čímž je také pravděpodobně spojen poměrně hojný výskyt částečné spontánní regrese (SR). Melanoma-bearing Libechov Minipig (MeLiM) představují speciálně vyšlechtěný zvířecí modelový organismus, který je postižen většinou nodulárními melanomy podléhajícími u zhruba 2/3 nemocných zvířat úplné SR. Položili jsme si tedy otázku, jakou úlohu hraje ve SR melanomu linie MeLiM imunitní reakce spojená s destrukcí nádorových buněk a též proteiny asociované s extracelulární matrix (ECM), jejichž změna exprese odráží přestavbu destruované nádorové tkáně. Realizovali jsme rozsáhlou časosběrnou studii, ve které jsme u kožních melanomů odebraných od jedinců linie MeLiM ve stáří 3, 4, 6, 8, 10, 12, 20 a 32 týdnů (5-10 vzorků v každé věkové kategorii) imunohistochemicky sledovali expresi kolagenu IV, lamininu, fibronektinu, tenascinu C i MMP-2 a průtokovou cytometrií jsme monitorovali zastoupení základních subpopulací imunitních buněk v krvi a v nádoru. Vyšší exprese kolagenu IV, lamininu a MMP-2 pozitivně korelovala s přítomností melanomových buněk. Exprese kolagenu IV i lamininu v oblastech s melanomovými buňkami naznačovala možné přežívání nádorových buněk díky interakci se zmíněnými...
|
|
|
Spontánní regrese melanomu prasat linie MeLiM
Plánská, Daniela ; Horák, Vratislav (vedoucí práce) ; Smetana, Karel (oponent) ; Bartůňková, Jiřina (oponent)
Melanom je kožní nádor vznikající z melanocytů - kožních buněk nesoucích pigment melanin. Melanom patří mezi imunogenní nádory, s čímž je také pravděpodobně spojen poměrně hojný výskyt částečné spontánní regrese (SR). Melanoma-bearing Libechov Minipig (MeLiM) představují speciálně vyšlechtěný zvířecí modelový organismus, který je postižen většinou nodulárními melanomy podléhajícími u zhruba 2/3 nemocných zvířat úplné SR. Položili jsme si tedy otázku, jakou úlohu hraje ve SR melanomu linie MeLiM imunitní reakce spojená s destrukcí nádorových buněk a též proteiny asociované s extracelulární matrix (ECM), jejichž změna exprese odráží přestavbu destruované nádorové tkáně. Realizovali jsme rozsáhlou časosběrnou studii, ve které jsme u kožních melanomů odebraných od jedinců linie MeLiM ve stáří 3, 4, 6, 8, 10, 12, 20 a 32 týdnů (5-10 vzorků v každé věkové kategorii) imunohistochemicky sledovali expresi kolagenu IV, lamininu, fibronektinu, tenascinu C i MMP-2 a průtokovou cytometrií jsme monitorovali zastoupení základních subpopulací imunitních buněk v krvi a v nádoru. Vyšší exprese kolagenu IV, lamininu a MMP-2 pozitivně korelovala s přítomností melanomových buněk. Exprese kolagenu IV i lamininu v oblastech s melanomovými buňkami naznačovala možné přežívání nádorových buněk díky interakci se zmíněnými...
|
|
|
Vliv transkripčních regulačních elementů na sestřih pre-mRNA
Volek, Martin ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Malík, Radek (oponent)
Při sestřihu pre-mRNA jsou z pre-mRNA odstraněny introny a dochází ke spojení exonů. Současné studie dokazují, že až 95 % genů, které mají více než dva exony, se mohou účastnit alternativního sestřihu pre-mRNA, tedy procesu, při kterém může či nemusí dojít k zahrnutí exonu do výsledné mRNA. Většina sestřihu pre-mRNA se uskutečňuje kotranskripčně, tedy v době, kdy je RNA polymerása II stále spojena s pre-mRNA. Alternativní sestřih je velmi komplikovaný a komplexní proces, který probíhá v blízkosti DNA a histonů, jež mohou tento proces ovlivňovat. Předchozí studie validovaly gen fibronektinu (FN1) a jeho alternativní exony EDA a EDB (extra doména A a B) jako vhodné modely pro studium alternativního sestřihu. Studie používající minireportérový systém FN1 skládající se z exonu EDA, dvou sousedních intronů a exonů dokázaly, že při vnesení transkripčního enhanceru SV40 před promotor tohoto systému, dochází ke snížení zahrnutí exonu EDA ve výsledné mRNA. Není však známe, zda obdobný mechanizmus funguje i mimo reportérový systém v genomu a zda vzdálené transkripční regulační elementy mohou mít vliv na alternativní sestřih. Proto byl pomocí programů The Ensemble Regulatory Build a FANTOM 5 identifikován potenciální transkripční enhancer, který se nachází 23,5 kbp před místem začátku transkripce (TSS) pro...
|
|
|
Vliv transkripčních regulačních elementů na sestřih pre-mRNA
Volek, Martin ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Malík, Radek (oponent)
Při sestřihu pre-mRNA jsou z pre-mRNA odstraněny introny a dochází ke spojení exonů. Současné studie dokazují, že až 95 % genů, které mají více než dva exony, se mohou účastnit alternativního sestřihu pre-mRNA, tedy procesu, při kterém může či nemusí dojít k zahrnutí exonu do výsledné mRNA. Většina sestřihu pre-mRNA se uskutečňuje kotranskripčně, tedy v době, kdy je RNA polymerása II stále spojena s pre-mRNA. Alternativní sestřih je velmi komplikovaný a komplexní proces, který probíhá v blízkosti DNA a histonů, jež mohou tento proces ovlivňovat. Předchozí studie validovaly gen fibronektinu (FN1) a jeho alternativní exony EDA a EDB (extra doména A a B) jako vhodné modely pro studium alternativního sestřihu. Studie používající minireportérový systém FN1 skládající se z exonu EDA, dvou sousedních intronů a exonů dokázaly, že při vnesení transkripčního enhanceru SV40 před promotor tohoto systému, dochází ke snížení zahrnutí exonu EDA ve výsledné mRNA. Není však známe, zda obdobný mechanizmus funguje i mimo reportérový systém v genomu a zda vzdálené transkripční regulační elementy mohou mít vliv na alternativní sestřih. Proto byl pomocí programů The Ensemble Regulatory Build a FANTOM 5 identifikován potenciální transkripční enhancer, který se nachází 23,5 kbp před místem začátku transkripce (TSS) pro...
|
|
|
Kultivace vrstvy buněk v mikrofluidním systému
Kachan, Ksenia ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Chmelíková, Larisa (vedoucí práce)
Teoretická část této práce se zabývá popisem principů kultivace buněk in vitro a moderních in vitro modelů pro kultivaci endoteliální buněčné vrstvy. V práci jsou dále popsány principy konfokální a fluorescenční mikroskopie. Praktická část je věnována práci s buněčnými kulturami a realizaci experimentu, který spočívá v kultivaci buněčné vrstvy v mikrofluidním systému. Buněčná vrstva byla během experimentu snímána konfokálním laserovým skenovacím mikroskopem Leica TCS SP8 X. Pro zpracování a analýzu pořízených snímku byl navržen algoritmus v programovacím prostředí MATLAB.
|
host ::
RSS.